La classification phylogénétique est un système de classification des êtres vivants qui se base uniquement sur les rapports de proximité évolutive entre espèces. Un cladogramme est un arbre phylogénétique qui présente les relations de parenté entre organismes vivants. Il montre qui est proche de qui, et non pas qui descend de qui. Ces arbres peuvent être 2D, 2D hyperboliques, 3D.
Les logiciels de phylogénétique permettent donc de construire un fichier de données et de les représenter sous forme d’arbres, mais contrairement à la généalogie, en phylogénétique il n’existe pas de format de fichier unique. Un des formats les plus anciens est le NEXUS, mais pour gérer des données grandissantes on se sert souvent du XML.
Voilà quelques logiciels de phylogénétique :
- ATV, Drawtree, Treeview (cladogramme classique 2D)
- PhyloWidget (classique 2D, circulaire…)
- Hypertree, Treebolic (2D hyperbolique)
- Walrus, H3 (3D)
- Phylo3D (convertisseur format fichier 2D en 3D)
Il existe des sites internet renfermant des informations sur tous les organismes vivants de la terre connus (leurs histoires et leurs caractéristiques). C’est le cas par exemple de ‘Tree Of Life’ ou de ‘NCBI’ qui classifient des espèces telles que : les virus, bactéries, animaux (metazoa), vertébrés, carnivores, primates (dont l’homme = homo sapiens), les insectes, les plantes vertes (viridplantae)…
Voilà une méthode pour récupérer des données de TOL au format Nexus (2D) :
- Aller sur le site de ‘Tree of Life’
- Faire une recherche de l’espèce désirée (les primates par exemple)
- Une fenêtre de résultats s'affiche avec dans les liens le N° de l'ID (exemple: tolweb.org/Primates/15963)
- Sous le logiciel ATV faire ‘File > Read Tree From Tree Of Life’
- Entrer le TOL Node identifier (15963 pour les primates)
- Attendre que l’arbre s’affiche puis faire ‘File > Save Tree As’ et choisir le format Nexus.
Note : si l’importation des données à partir de TOL échoue, il faut lancer ATV en mode mémoire haute (java -Xms32m -Xmx512m -cp forester.jar org.forester.atv.ATV).
Voilà une méthode pour récupérer des données de NCBI au format Graph (3D) :
- Aller sur le site de NCBI et par le biais d’une recherche, récupérer l’ID de l’espèce (attention ce N° est différent de celui de TOL. Ici c’est 9443 pour les primates)
- Télécharger et installer le logiciel de conversion 2D/3D Phylo3D
- Lancer Phylo3D avec :
java -Xmx500M -cp phylo3D.jar;ATVapp.jar;. phylo3D.tools.NCBItoWalrus --narrowTo=9443 primates.graph
Note : -Xmx500M est la mémoire utilisée par l’application Phylo3D. Augmentez le chiffre si l’importation échoue par manque de mémoire. 9443 est le N° de l’ID de l’espèce (primates) et primates.graph est le fichier de sortie.
Les logiciels de phylogénétique permettent donc de construire un fichier de données et de les représenter sous forme d’arbres, mais contrairement à la généalogie, en phylogénétique il n’existe pas de format de fichier unique. Un des formats les plus anciens est le NEXUS, mais pour gérer des données grandissantes on se sert souvent du XML.
Voilà quelques logiciels de phylogénétique :
- ATV, Drawtree, Treeview (cladogramme classique 2D)
- PhyloWidget (classique 2D, circulaire…)
- Hypertree, Treebolic (2D hyperbolique)
- Walrus, H3 (3D)
- Phylo3D (convertisseur format fichier 2D en 3D)
Il existe des sites internet renfermant des informations sur tous les organismes vivants de la terre connus (leurs histoires et leurs caractéristiques). C’est le cas par exemple de ‘Tree Of Life’ ou de ‘NCBI’ qui classifient des espèces telles que : les virus, bactéries, animaux (metazoa), vertébrés, carnivores, primates (dont l’homme = homo sapiens), les insectes, les plantes vertes (viridplantae)…
Voilà une méthode pour récupérer des données de TOL au format Nexus (2D) :
- Aller sur le site de ‘Tree of Life’
- Faire une recherche de l’espèce désirée (les primates par exemple)
- Une fenêtre de résultats s'affiche avec dans les liens le N° de l'ID (exemple: tolweb.org/Primates/15963)
- Sous le logiciel ATV faire ‘File > Read Tree From Tree Of Life’
- Entrer le TOL Node identifier (15963 pour les primates)
- Attendre que l’arbre s’affiche puis faire ‘File > Save Tree As’ et choisir le format Nexus.
Note : si l’importation des données à partir de TOL échoue, il faut lancer ATV en mode mémoire haute (java -Xms32m -Xmx512m -cp forester.jar org.forester.atv.ATV).
Voilà une méthode pour récupérer des données de NCBI au format Graph (3D) :
- Aller sur le site de NCBI et par le biais d’une recherche, récupérer l’ID de l’espèce (attention ce N° est différent de celui de TOL. Ici c’est 9443 pour les primates)
- Télécharger et installer le logiciel de conversion 2D/3D Phylo3D
- Lancer Phylo3D avec :
java -Xmx500M -cp phylo3D.jar;ATVapp.jar;. phylo3D.tools.NCBItoWalrus --narrowTo=9443 primates.graph
Note : -Xmx500M est la mémoire utilisée par l’application Phylo3D. Augmentez le chiffre si l’importation échoue par manque de mémoire. 9443 est le N° de l’ID de l’espèce (primates) et primates.graph est le fichier de sortie.
